Οι τρεις τομείς του Τμήματος διαρθρώθηκαν με βάση τα γνωστικά αντικείμενα και τα αντίστοιχα επιδιωκόμενα μαθησιακά αποτελέσματα και πεδία εφαρμογής και είναι:
- Επιστήμη Τροφίμων
- Μηχανική Διεργασιών και Τεχνολογιών Τροφίμων
- Βιομηχανικές Εφαρμογές
Ο πρώτος τομέας περιλαμβάνει μαθήματα από τους κλάδους της Χημείας, Βιολογίας και Επιστημών Ζωής με σκοπό την διασφάλιση της ασφάλειας και της ποιότητας στα τρόφιμα. Ο δεύτερος τομέας συγκεντρώνει μαθήματα φυσικών επιστημών και μηχανικής που ενσωματώνουν τις (γενικές ή εξειδικευμένες ανά κατηγορία) τεχνολογίες επεξεργασίας των τροφίμων. Ο τρίτος τομέας περιλαμβάνει μαθήματα που επεκτείνουν τις γνώσεις επιστήμης και τεχνολογίας τροφίμων σε θέματα που άπτονται της πρακτικής εφαρμογής και τις εμπλουτίζει με αντικείμενα που προκύπτουν από την εφαρμογή στην βιομηχανική κλίμακα.
Το παρακάτω γράφημα δείχνει την κατανομή των μαθημάτων του Προγράμματος Σπουδών στους 3 τομείς.