Το Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων του Δι.Πα.Ε. έχει μακρά ιστορία στον ακαδημαϊκό χάρτη της χώρας υπό διάφορα σχήματα. Το Τμήμα λειτουργεί από την ίδρυση των ΚΑΤΕ (Κέντρα Ανώτερης Τεχνικής Εκπαίδευσης) που ιδρύθηκαν με το νόμο 652/1970 και μετεξελίχθηκαν στα ΚΑΤΕΕ (Κέντρα Ανώτερης Τεχνικής και Επαγγελματικής Εκπαίδευσης) βάσει του νόμου 576/1977. Το Τμήμα στη φάση αυτή λειτούργησε ως Σχολή Τεχνολογίας Τροφίμων με δύο Τμήματα (Τμήμα Ζωικών Προϊόντων και Τμήμα Φυτικών Προϊόντων). Μετά την κατάργηση των ΚΑΤΕΕ και την ταυτόχρονη ίδρυση των Τεχνολογικών Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων (ΤΕΙ) με το νόμο 1404/1983, το Τμήμα λειτούργησε με την ίδια διάρθρωση μέχρι το 1985. Στη συνέχεια, το Τμήμα Τεχνολογίας Τροφίμων μαζί με το Τμήμα Διατροφής και Διαιτολογίας αποτέλεσαν τη Σχολή Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής, η οποία με την προσθήκη του νεοσυσταθέντος (από συγχωνεύσεις) Τμήματος Τεχνολογίας Γεωπονίας, το 2013, μετεξελίχθηκε σε Σχολή Τεχνολογίας Γεωπονίας, Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής (ΣΤΕΓΤETΡΟΔ). Με την ενσωμάτωση του ΑΤΕΙΘ στο ΔΙ.ΠΑ.Ε, το Τμήμα μετονομάστηκε σε Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων, απέκτησε 5ετές πρόγραμμα σπουδών και ενσωματώθηκε στη Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών.
Από το 1999, το Τμήμα εφαρμόζει σύστημα μεταφοράς διδακτικών μονάδων (ECTS). Το Νοέμβριο του 2008, το Τμήμα αξιολογήθηκε επιτυχώς από επιτροπή Ελλήνων και ξένων εμπειρογνωμόνων.
Στην παρούσα φάση, το Τμήμα υποστηρίζει δύο προγράμματα σπουδών και απονέμει τα αντίστοιχα πτυχία: το πρόγραμμα προπτυχιακών σπουδών στην Επιστήμη και Τεχνολογία Τροφίμων και το πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών με τίτλο «Συστήματα Διαχείρισης Ποιότητας και Οργάνωσης Παραγωγής στη Βιομηχανία Τροφίμων».